1997 में स्थापित बिम्सटेक में महत्वपूर्ण रणनीतिक और आर्थिक क्षमता है, लेकिन इसे कई चुनौतियों का सामना करना पड़ रहा है जो इसकी प्रभावशीलता में बाधा डालती हैं। उनमें से सबसे प्रमुख है एक मजबूत संस्थागत ढांचे का अभाव। दक्षिण पूर्व एशियाई राष्ट्र संघ (आसियान) के विपरीत, बिम्सटेक सचिवालय के पास सीमित संसाधन और अधिकार हैं, जिससे निर्णय लेने में देरी होती है। बिम्सटेक के एजेंडे को आगे बढ़ाने में कोई भी एक देश लगातार अग्रणी नहीं रहा है: विविध सदस्य – बांग्लादेश, भारत, म्यांमार, श्रीलंका, थाईलैंड, नेपाल और भूटान – अक्सर प्राथमिकताएँ निर्धारित करने में संघर्ष करते हैं। इसके अलावा, भारत-चीन तनाव अप्रत्यक्ष रूप से बिम्सटेक को प्रभावित करते हैं: चीन इसका सदस्य नहीं है, लेकिन म्यांमार, नेपाल और बांग्लादेश को प्रभावित करता है। म्यांमार में राजनीतिक अस्थिरता और क्षेत्रीय प्रतिद्वंद्विता ने सहयोग को और बाधित किया है।
बिम्सटेक मुक्त व्यापार समझौता (FTA) जैसे प्रमुख समझौते रुके हुए हैं। नौकरशाही की जड़ता और प्रवर्तन तंत्र की कमी आर्थिक एकीकरण में और देरी करती है। परिवहन और ऊर्जा परियोजनाओं पर चर्चा के बावजूद, कमजोर बुनियादी ढाँचा लिंक एक बाधा बनी हुई है। कलादान मल्टी-मॉडल ट्रांजिट ट्रांसपोर्ट प्रोजेक्ट और त्रिपक्षीय राजमार्ग जैसी समुद्री और सड़क संपर्क परियोजनाओं में देरी हुई है। उच्च टैरिफ और गैर-टैरिफ बाधाएं अंतर-क्षेत्रीय व्यापार को और प्रतिबंधित करती हैं। भले ही समुद्री सुरक्षा, आतंकवाद और जलवायु संकट क्षेत्र को प्रभावित करते हैं, लेकिन सहयोग सीमित रहता है। इसी तरह, साइबर सुरक्षा और आपदा प्रबंधन प्रयासों को और अधिक समन्वय की आवश्यकता है।