जब एंटीबायोटिक्स विफल हो जाते हैं, तो संक्रमण लंबे समय तक रहता है और अधिक गंभीर हो जाता है। मरीजों को मजबूत दवाओं, लंबे समय तक अस्पताल में रहने या आईसीयू देखभाल की आवश्यकता हो सकती है। कुछ मामलों में, उपचार के विकल्प पूरी तरह ख़त्म हो जाते हैं। इससे जटिलताओं और मृत्यु का खतरा बढ़ जाता है, विशेष रूप से नवजात शिशुओं, वृद्ध वयस्कों और गंभीर रूप से बीमार रोगियों के लिए।
प्रतिरोध नियमित देखभाल को भी प्रभावित करता है। सर्जरी, कैंसर का इलाज, डायलिसिस और अंग प्रत्यारोपण सभी संक्रमण को रोकने के लिए प्रभावी एंटीबायोटिक दवाओं पर निर्भर हैं। जब ये दवाएं विफल हो जाती हैं, तो नियोजित चिकित्सा प्रक्रियाएं भी जोखिम भरी हो जाती हैं।