ओट्स स्वाभाविक रूप से लस मुक्त होते हैं, लेकिन वे अक्सर ऐसे कारखानों में संसाधित होते हैं जो गेहूं, जौ, या राई को भी संभालते हैं। यह क्रॉस-संदूषण की ओर जाता है और उन लोगों में गंभीर प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को ट्रिगर कर सकता है जिन्हें सीलिएक रोग है। यहां तक कि ग्लूटेन की एक छोटी मात्रा भी सीलिएक रोग वाले व्यक्ति के आंतों के अस्तर को नुकसान पहुंचा सकती है। इससे पोषक तत्वों की खराबी, पेट में दर्द और दीर्घकालिक स्वास्थ्य मुद्दे हो सकते हैं। इसलिए, सीलिएक रोग वाले लोगों में केवल ओट्स हो सकते हैं यदि वे ग्लूटेन-मुक्त प्रमाणित हों और अलग-अलग सुविधाओं में संसाधित हों। हालांकि, फिर भी, कुछ एवेनिन नामक जई में एक प्रोटीन पर प्रतिक्रिया कर सकते हैं, जो दुर्लभ मामलों में ग्लूटेन के प्रभावों की नकल करता है।
