मानसून की बारिश से अक्सर जल संदूषण होता है और माइक्रोबियल गतिविधि में वृद्धि होती है, जो जलीय पारिस्थितिकी तंत्र को काफी प्रभावित करती है। नतीजतन, मछली अपने प्राकृतिक आवासों में हानिकारक बैक्टीरिया, परजीवी और विषाक्त पदार्थों के संपर्क में हैं। दूषित मछलियों का सेवन करने से गैस्ट्रोएंटेराइटिस, टाइफाइड, हैजा, और हेपेटाइटिस ए जैसी खाद्य जनित बीमारियां हो सकती हैं।